这四笔交易完成之后，阿里集团形成了三足鼎立的股东构成，雅虎持股40%，马云团队持股31%，软银持股29%。这意味着：其一，阿里巴巴除软银之外的前三轮投资人彻底套现退出—他们当初投入的总成本是3200万美元，退出时获得5.7亿美元，17.8倍回报；其二，软银也获得部分套现(软银此前给阿里巴巴与淘宝的总投入是8000万美元，如今不仅套现1.8亿美元，而且还继续持有阿里集团29%的股权)；其三，雅虎支付的10亿美元，实际只有2.5亿美元进入了阿里的口袋，其余部分则都被阿里的前几轮投资人套现瓜分掉了。

　　雅虎的注资令淘宝在与eBay的烧钱大战中彻底胜出。当然，马云不得不开始面对其最大的隐患：自己的大股东地位不保，雅虎成了阿里集团第一大股东，马云有可能丧失对企业的控制权。

　　据说，马云为了确认雅虎创始人杨致远的确无意控制阿里集团并插手经营事务，在雅虎入股之前，二人在美国著名的圆石滩高尔夫球场有过一场私人会晤。在此次会晤中，马云反复试探杨致远的真实想法。马云得到的反馈很大程度上打消了自己的疑虑，这才最终将意向确定下来。

　　不仅如此，马云还通过交易合同中的具体条款来强化自己对企业的控制权。

　　第一，虽然雅虎持有阿里集团40%的股权，但只拥有35%的投票权，多余部分投票权归马云团队所有，此条款有效期至2010年10月。

　　第二，阿里集团董事会的四个席位中，马云团队拥有两席，作为大股东的雅虎反而只有一席，另一席属于软银。到2010年10月，雅虎才有权获得与马云方面数量相等的董事会席位。

　　第三，2010年10月之前，董事会在任何情况下都不得解除马云的阿里集团CEO职务。

　　杨致远在主政雅虎期间，确实践行了自己的承诺，基本没有干预阿里集团的运营，而且在公开场合他与孙正义也都采取了站在马云一边的姿态。这很大程度上缓解了马云对因股份稀释而失去控制权的担忧。

　　2009年1月，由于雅虎的业绩远未达到华尔街的期望，杨致远被迫辞任雅虎CEO，由卡罗尔·巴茨(Carol Bartz)接任。自此，阿里集团与雅虎之间的蜜月期结束，马云与雅虎之间的矛盾也日益公开化，马云也公开表达了回购雅虎所持阿里集团股权的意愿。

　　随着2010年10月的到来，马云在雅虎入股阿里集团时所设置的包括投票权、董事会席位、CEO任免等系列有利于自身的控制条款统统失效。雅虎随时可能行使自己的权利，马云的控制权岌岌可危。

　　但马云在2011年初以强硬的姿态对媒体表示：“外界说2010年10月雅虎会行动，现在都1月了也未见动静。雅虎即使派10个董事进来，不还是按照正确的事情做?你不派董事进来，我也会听你有没有道理，如果没有道理，一万个董事都没用！”

　　支付宝“单飞”

　　出乎外界意料的是，2011年5-6月，雅虎与马云管理层之间爆发了最为严重的冲突。

　　2011年5月10日，当时身为阿里集团大股东的雅虎发布公告称：马云将支付宝从阿里集团转移到了马云与谢世煌(阿里创始人之一)二人设立的“浙江阿里巴巴电子商务有限公司”(马和谢各占股80%和20%)，而作为阿里集团大股东的雅虎，对于马云转移支付宝的行为毫不知情。消息爆出，雅虎股价应声下跌7.3%。

　　雅虎公告的言外之意是，马云转移支付宝并未获得阿里集团董事会的授权许可，因为代表雅虎的董事会成员杨致远对此事并不知情。这在华尔街看来，是严重违背公司治理规则的。

　　而且，雅虎声称支付宝转让的价格仅为3.3亿元，远低于彼时支付宝的实际价值。

　　于是雅虎与马云之间上演了一场“国际舆论战”，雅虎抨击马云是在自己不知情的情况下“窃取”了支付宝，而马云则回应说“不完美，但唯一正确”。他所说的“不完美”指的是单方面取消了阿里集团与支付宝之间的“协议控制”有违约之嫌；而“唯一正确”则意指这一行为100%遵守了国家法律。

　　关于此次支付宝的转移，有个关系密切的背景：2010年6月，央行出台了《非金融企业支付服务管理办法》，规定从事第三方支付的企业必须向央行申请许可证，且申请者必须是“境内依法设立的有限责任公司及股份有限公司”，而对于有外资成分企业的牌照申请则“由中国人民银行另行规定，报国务院批准”。央行政策的言外之意是，申请牌照者最好是内资企业，外资企业要按“另行规定”报批，而这个“另行规定”并未出台。